Az Intézmény 1956. február 26-án kezdte meg működését Clara Zetkin Csecsemőotthon néven egy szovjet típusterv alapján készült épületben, a Ságvári utcában. Az otthon hatvannégy gyermek fogadására volt alkalmas. Közel két évtized alatt az intézmény kihasználtsága 150%-ra, a gondozónők létszáma húszról harmincháromra emelkedett. Ekkor még a fogyatékos gyermekeket is itt helyezték el, nem lévén speciális intézmény számukra.
A Landorhegyi úti épület 1967-ben épült, először bölcsődeként működött, városi fenntartásban.
1987 évnek a végén, a megüresedett és a szakmai szempontok alapján átalakított Landorhegyi úti bölcsőde épületébe költözött át a megyei fenntartásban működő csecsemőotthon, változatlan férőhellyel. 1988-tól a három évet betöltött gyerekek is az otthonban maradhattak.
Jelenlegi formájában 1998. november 19. óta működik az intézmény.
A gyermekotthon otthont nyújtó ellátást biztosít az ideiglenes hatállyal elhelyezett, nevelésbe vett gyermek számára, utógondozói ellátást biztosít a fiatal felnőtt számára és szükség esetén külső férőhelyeket működtet.
Igazi váltást eredményezett a gyermekek védelméről és a gyámügyi igazgatásról szóló 1997. évi XXXI. törvény. A törvény alapján megkezdődött az átszervezés.
Az átszervezés több területet érintett.
• Az intézet 0-18 éves korig látja el a gyermekeket - Gyermekotthonná alakult át.
Az intézet munkájának szemléletében is változások történtek. Az addig elsősorban egészségügyi szempontokat szem előtt tartó intézményben előtérbe kellett, hogy kerüljenek a szociális szakma szabályai.
A szervezeti felépítésben is változások történtek.
2001. márciustól elindul az otthon saját nevelőszülői hálózata.
A legjelentősebb változások az otthon működésében történtek.
A Zalaegerszegi Gyermekotthon férőhelyeinek száma: 40 fő, 1 csoportban különleges, 3 csoportban integrált ellátást biztosít. Az integrált csoportok kialakításánál figyelembe veszik a testvérek együttes elhelyezését, azonban a 3. és 4. csoportban korcsoport szerinti összetétel a jellemző. A különböző csoportban elhelyezett testvérek rendszeresen, a napirendnek megfelelően találkozhatnak egymással, az átjárás biztosított a csoportok között.
2004. szeptembertől, az intézmény profilja folyamatosan kibővült, újabb telephelyeken 8-12 fős lakásotthonok működnek a megyében, Zalaegerszegen, Lentiben Letenyén, Nagykanizsán, Nagyrécsén, Zalaszentlászlón és Zalaszentgróton, ahol a jogszabályi és szakmai előírásoknak megfelelően „családias” légkörben, állandó környezetben nevelkednek a gyermekek és a fiatal felnőttek. Ezzel az ellátási formával az otthont nyújtó ellátás már a 18-24 éves utógondozói ellátott fiatalok nevelésére is kiterjed.
A gyermekotthonokban, lakásotthonokban, Nagykanizsán, 2 Utógondozói Lakásotthonban, Zalaegerszegen pedig 3 külső férőhelyen, gyámhatóság által elrendelt utógondozói ellátás keretében, szükség szerinti ellátást biztosít az intézmény fiatal felnőttek számára.
Az elmúlt évtizedekben számos szakmai elvárás volt, ezen elvárások szellemében végezték feladataikat az otthon dolgozói. Egy szempont azonban mindig a legelső volt és ma is az: a gyermek-centrikusság, a gyermekek érdekeinek messzemenő figyelembe vétele a gondozó, nevelő munka során.
Az intézmény célja az, hogy gyermekek sorsa véglegesen és biztos módon rendeződjön. Ennek két lehetősége van: a saját családjukba való visszakerülés - amennyiben a bekerülést előidéző okok megszűntek - , illetve az örökbe adás.
2021. évben több átszervezés történ az intézmény életében, 2021. április 1. napjától a Nevelőszülői Hálózat, 2021. július 1. napjától a Területi Gyermekvédelmi Szakszolgálat, majd 2021. október 1. napjától a Nagykanizsa, Herkules utcai Lakásotthon, Nagykanizsa Liszt Ferenc utcai és Zemplén utcai Utógondozó Lakásotthon, valamint a Zalaegerszeg, Patkó utcai Lakásotthon vált ki. A Nevelőszülői Hálózat, valamint a lakásotthonok és utógondozó lakásotthonok a Nyugat -Magyarországi Református Gyermekvédelmi Központ működésébe került át, a Területi Gyermekvédelmi Szakszolgálat az Országos Gyermekvédelmi Szakszolgálat keretében működik tovább.